Το Γυμνάσιο Έμπωνα ιδρύθηκε το 1977.
Τα πρώτα χρόνια λειτουργίας του, δεν είχε δικό του κτίριο και λειτουργούσε σε αίθουσες του Δημοτικού σχολείου, καθώς και σε ενοικιαζόμενο γειτονικό κτίριο. Το κτίριο στο οποίο στεγάζεται σήμερα, αποπερατώθηκε το 1987.
Από το σχολικό έτος 2008 – 2009 λειτούργησαν λυκειακές τάξεις μετά από αίτημα των κατοίκων του χωριού.
Το 2009 ολοκληρώθηκαν οι εργασίες ανοικοδόμησης του νέου κτιρίου στο οποίο στεγάζονται οι Λυκειακές Τάξεις.